Una Guerra del Santo Grial como nunca ha habido antes está a punto de comenzar. Sakura Matou acude cada día a la residencia de los Emiya, albergando el sueño de poder vivir plácida y pacíficamente junto a Shiro, único miembro de dicha familia. Sin embargo, se encuentran en los albores de la contienda... Se abre el telón por última vez! Comienza la mayor Guerra del Santo Grial conocida hasta ahora...! La última y definitiva ruta, la de Sakura, comienza por fin! Se abre aquí el telón de la verdadera Guerra del Santo Grial!

Frente a Shiro, Rin y Saber aparece una niña llamada Illyasviel. Su Servant es Berserker, y este atacará al grupo de Shiro con una fuerza aplastante! Poco después, el padre Kotomine comenzará a narrar la historia sobre cómo se originó la Guerra del Santo Grial La última y definitiva ruta, la de Sakura, comienza por fin! Se abre aquí el telón de la verdadera Guerra del Santo Grial!

El Master del Servant Rider que estaba atacando a la gente de la ciudad era Shinji. Shiro advierte a Shinji de que se retire, pero... En la noche profunda, el gran puente de Fuyuki será escenario donde el combate entre Saber y Rider dará comienzo! La última y definitiva ruta, la de Sakura, comienza por fin! Se abre aquí el telón de la verdadera Guerra del Santo Grial!

A la mañana siguiente al combate en el templo Ryudo, Shiro parece encontrarse indispuesto por alguna razón. Sakura se ofrece a atenderle y a llevar las tareas del hogar. Al verla tan voluntariosa, el corazón de Shiro se llena de alegría. Al mismo tiempo, Lancer, que acaba de llegar al templo Ryudo, debe hacer frente a un misterioso enemigo. Comienza un nuevo combate... --- La última y definitiva ruta, la de Sakura, comienza por fin! Se abre aquí el telón de la verdadera Guerra del Santo Grial!

Tras ser citado por Kotomine en un restaurante chino y conocer de sus labios los detalles sobre Lancer y Zouken Matou, Shiro retomará sus salidas nocturnas. Los casos de coma inexplicables entre ciudadanos inocentes continúan, y es necesario protegerlos. Shinji trama algo perverso, Illya aparece por tercera vez, y Sakura... --- La última y definitiva ruta, la de Sakura, comienza por fin! Se abre aquí el telón de la verdadera Guerra del Santo Grial!

Shiro ha perdido a Saber en combate en el templo Ryudo. Para poder dar caza a la oscura sombra, Shiro propone a Rin volver a luchar codo con codo. Pero Shiro ya no es Master, y como hacer equipo con él no supone ninguna ventaja para Rin, esta le pone una condición a cambio de su colaboración. — La última y definitiva ruta, la de Sakura, comienza por fin! Se abre aquí el telón de la verdadera Guerra del Santo Grial!